卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。如果囊肿较大超过5厘米，需要行手术治疗。手术后要适当下床活动，防止肠黏连，同时要加强营养，增加蛋白质的摄入，有利于伤口的愈合，平时要加强个人卫生，保持会阴部清洁干爽。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
大约有3%的巧克力囊肿会发生破裂。这有可能是因为外伤性或者是自发性而导致。这一现象的发生通常会因为巧克力囊肿的直径达到五厘米以上，才有可能导致破裂，而直径小于三厘米以下的巧克力囊肿，一般对女性朋友的身体是不会造成太大的伤害。
巧克力卵巢囊肿分生理性和病理性，生理性囊肿会随着月经周期而发生不同的变化，3-6个月会自行消退或缩校如果是病理性囊肿则要对症治疗，一般如果囊肿小于6cm需要先观察，定期到医院复查，大于6cm就需要住院手术治疗了。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。