一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿微创手术可选择局麻或全麻。常规消毒术区，患者采取颈部后屈体位，标记胸骨上窝双侧指，选择颈前弧行切开，切开皮肤皮下组织，分离颈前肌群，切断颈前肌一部分，打开甲状腺包膜，仔细剥离囊肿，完全切除病变，避免损伤邻近神经或血管。
甲状腺囊肿微创手术为局部小切口手术，术后皮内缝合无需拆线。止血效果好，手术约需1~2小时，住院3天，术后5天可恢复正常。手术后，需服用抗炎药物以防止伤口感染。少吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜水果和蔬菜。
甲状腺囊肿、是细菌感染局组织异常增所致、吃药打针效果不佳。去医院外科、内分泌科进一步检查。做甲状腺囊肿切术。抗感染、抗消炎。甲状腺囊肿需要挂内分泌科检查，做甲状腺B超和甲状腺功能检查，在医生指导下处理，必要时手术治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。