脑磁共振可检查血管疾病，如脑缺血，脑梗塞，脑出血，血管畸形等；可检查肿瘤病变，如良性囊肿，垂体瘤，脑膜瘤；恶性，胶质瘤，脑转移瘤等；可检查头外伤，如脑挫裂伤等；可检查鼻窦占位，鼻窦炎症。
脑磁共振可检查脑缺血、脑梗死、脑出血、占位性病变等。导致头痛的原因很多。常见原因，如休息不良或紧张性头痛，也可由高血压、脑血栓形成、脑供血不足、脑血管畸形、急性感染引起的发热性疾病如感冒、肺炎等引起。此外，颈椎病也会导致头颈部疼痛。服用特殊药物和遭受创伤也可能引起头痛。
做核磁共振是可以查出来是否有垂体瘤的，脑磁共振对于诊断脑垂体瘤具有非常重要的作用，而且磁共振检查是垂体瘤影像学检查首选的方法。通常通过磁共振检查可以了解肿瘤与海绵窦、脑池、颈内动脉、第三脑室的关系。但是，脑垂体瘤如果合并库欣综合征，有25%-45%的肿瘤在磁共振上不能显示，此刻需要依据症状及相关激素检查予以辅助诊断。
需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确，能够清晰地显示脑干等部位的病灶。
头部疼痛可以做CT检查，也可以做磁共振检查。做CT检查费用要低，但是存在一定的辐射，如果是孕妇或者小朋友，最好不要做CT检查。磁共振检查费用要高的多，但是清晰度比较好，做磁共振检查是在比较强的磁场里面，身体里面有钢钉、钢板或者心脏起搏器之类的东西也不能做检查。做磁共振检查是在空间比较大又比较幽暗的房间里面做，如果病人有幽闭综合征也不能做磁共振检查，只能选择做CT检查。建议到神经内科检查，在医生的指导下治疗。日常注意多休息，保持充足的睡眠，多喝水，注意保暖，避免着凉感冒。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
