卵巢妊娠诊断比较困难，常与输卵管妊娠，黄体破裂，卵巢囊肿扭转，子宫内膜异位囊肿破裂相混淆，其鉴别要点主要根据病理诊断。原发性卵巢妊娠的病理诊断标准为：

1.患者输卵管完整。

2.胚囊必须位于卵巢组织内。

3.卵巢与胚囊是以子宫卵巢韧带与子宫相连。

4.胚囊壁上有卵巢组织。胚囊壁上应多处有卵巢组织，且两处卵巢组织之间应有一段距离，在胚胎组织与周围粘连组织之间必须有卵巢组织。

5.显微镜下观察不仅输卵管组织正常，而且又无妊娠证据。根据以上几点可以与输卵管妊娠破裂或流产后引起的继发性卵巢相区别。

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